Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan No 03. Tahun 2010 tentang Tata Cara Penetapan Penetapan Status Perlindungan Jenis Ikan, mengatur bagaimana prosedur dan tata cara penetapan status perlindungan jenis ikan, mulai dari inisiatif usulan sampai kepada penetapannya. Usulan inisiatif untuk memintakan penetapan status perlindungan jenis ikan dengan kriteria terancam punah, langka, endemik, terjadi penurunan drastis populasinya, dan tingkat kemampuan reproduksinya rendah kepada Menteri Kelautan dan Perikanan, dapat datang dari: perseorangan, kelompok masyarakat, lembaga penelitian, lembaga pendidikan, lembaga pemerintah, dan lembaga swadaya masyarakat dengan membawa dokumen kajian awal dan peta/sketsa lokasi penyebaran ikan yang akan diusulkan status perlindungannya. Berdasarkan adanya usulan tersebut, kemudian Menteri Kelautan dan Perikanan menugaskan Dirjen Kelautan Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil (KP3K) untuk melakukan verifikasi kelayakan usulan penetapan status perlindungan jenis ikan tersebut. Kalau jawabannya –layak-, maka Menteri memintakan rekomendasi ilmiah dari Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) sebagai scientific autority. Atas dasar rekomendasi dari LIPI tersebut maka Menteri menetapkan status perlindungan jenis ikan. Dan setelah itu, Menteri menugaskan Dirjen KP3K untuk melalukan sosialisasi Permen tersebut dan pengelolaan berkelanjutan secara nasional terhadap jenis ikan yang telah ditetapkan status perlindungannya tersebut. Yang menjadi pertanyaan adalah: dimana peran pemerintah daerah? Padahal jenis ikan endemik umumnya hanya ada di beberapa daerah prov/kab/kota saja. Peran daerah dalam konservasi jenis ikan itu memang bisa saja ada pada waktu inisiatif usulan dan pada waktu Ditjen KP3K melakukan verifikasi dimana di dalamnya termuat keharusan untuk berkoordinasi dengan instansi pemerintah lainnya termasuk pemerintah daerah, serta dalam pasal 27 Permen 03/2010 tersebut yang menyebutkan bahwa: perlindungan terbatas dapat ditetapkan berdasarkan nilai budaya dan kearifan lokal yang berlaku di daerah tertentu yang diatur oleh Gubernur/Bupati/Walikota. Padahal Undang-Undang No. 32 tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah, menyebutkan dalam pasal 10; Pemerintah Daerah menyelenggarakan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangannya, dan dalam pasal 18; ayat (1) Daerah memiliki wilayah laut dan diberikan kewenangan untuk mengelola sumberdaya di wilayah lautnya, ayat (3) kewenangan itu berupa eksplorasi, eksploitasi, konservasi, dan pengelolaan kekayaan laut.
Saat ini sudah ada beberapa peraturan yang dikeluarkan daerah terkait dengan konservasi jenis ikan yang lebih mengacu kepada Undang-Undang no 32 tahun 2004, seperti:
-Peraturan Daerah Kabupaten Raja Ampat No. 09 tahun 2012 tentang Larangan Penangkapan Hiu, Pari Manta, dan Jenis-Jenis Ikan Tertentu di Perairan Laut Raja Ampat
-Peraturan Bupati Bengkalis No. 15 tahun 2010 tentang Kawasan Suaka Perikanan Ikan Terubuk di Kabupaten Bengkalis Prov Riau.
Kiranya peran pemerintah daerah dapat lebih ditingkatkan lagi dengan memberikan kewenangan untuk menetapkan status perlindungan jenis ikan dan menyusun rencana pengelolaannya sesuai dengan kewenangannya sehingga daerah akan merasa memiliki dan bertanggung jawab terhadap konservasi jenis ikan yang dimilikinya. Dan penyempurnaan Permen KP No 03 tahun 2010 itu sedang dalam proses.
